Od momentu narodzin cywilizacji czczono go niczym boga. Apocalypse (Oscar Isaac) był pierwszym i najpotężniejszym mutantem w uniwersum X-Men. By stać się nieśmiertelnym i niepokonanym, przejmował moce innych mutantów. Przebudzony ze snu po tysiącleciach jest rozczarowany światem, który zobaczył. Dlatego też postanawia zwerbować grupę potężnych mutantów, w tym Magneto (Michael Fassbender), by oczyścić Ziemię z ludzi i zaprowadzić nowy porządek w świecie, w którym ma zamiar sprawować władzę. Raven (Jennifer Lawrence) z pomocą Profesora X (James McAvoy) staje na czele grupy młodych X-Menów, którzy jako jedyni spróbują przeciwstawić się potędze Apocalypse. Stawką jest los ludzkości i całej Ziemi.